Согласно статье 18 Закона РФ от 21.02.1992 N 2395-1 "О недрах" участки недр местного значения могут быть предоставлены в пользование для геологического изучения, разведки или добычи общераспространенных полезных ископаемых, в том числе подземных вод, геологического изучения этих участков в целях поисков и оценки подземных вод для питьевого или технического водоснабжения, а также в иных целях, не связанных с добычей полезных ископаемых. Забор (добыча) подземных вод для орошения земель сельскохозяйственного назначения данным перечнем не предусмотрен.

Установлены случаи, когда региональные органы власти, при выдаче организациям, осуществляющим орошение земель сельскохозяйственного назначения либо добывающим подземную воду для водопоя и обслуживания скота и птицы, которые находятся в собственности сельскохозяйственных организаций, в лицензиях на пользование недрами в графе "с целевым назначением и видами работ" указывают "разведка и добыча подземных вод участка недр местного значения для технического водоснабжения".

В данной ситуации, по мнению ФНС России, при фактическом использовании организациями забранной воды для орошения земель сельскохозяйственного назначения, объем воды, использованной на указанные цели, не подлежит обложению водным налогом независимо от целевого назначения забора воды, указанного в лицензии на право пользования недрами.

При осуществлении на основании одной лицензии забора воды для использования в нескольких целях водопользования, следует вести раздельный учет забранной из водного объекта воды. В случае отсутствия ведения раздельного учета забранной из водного объекта воды по целям ее дальнейшего использования весь объем забранной из водного объекта воды подлежит налогообложению по ставкам и в порядке, установленным пунктами 1 и 1.1 статьи 333.12 НК РФ.